在污水处理系统中采用自动控制系统，不仅减轻了操作人员的劳动强度，而且对整个污水处理系统的管理状况和操作环境都有极大的促进作用。然而，由于废水处理环境的复杂性和污水处理的特殊性，在污水处理工程实践中应用自控系统，出现了一些常见问题。
1、制度管理
目前我国工业废水处理中存在着监强控弱、只监督无控制的现象。因此，造成许多控制信息得不到有效的利用，影响到整个工业废水处理质量。对此，在制度控制方面，要将监督和控制有机结合起来，做到信息及时收集，合理利用信息。
2、手动和自动化控制
因为污水处理工艺的特殊性，需要经过长期的生化处理，以及复杂的处理环节才能完成。同时，由于控制软件的作用参数较多、在线稳定性较差，使得实现自动化的难度加大。由于水生物化学处理时间长，反应过程缓慢，自动化控制技术的研究和开发和实践是一项长期的工程，因此，加强废水处理的监测工作非常有必要。
3、对废水的质量进行监控
污水质量控制和检测存在着滞后现象。为更好地控制污水处理系统，必须有效地合理使用自控仪器，完善自动控制技术，优化控制技术。
4、员工培训
广泛的专业领域和广阔的领域是自动控制系统的主要特点。包括计算机控制知识、在线仪器检测知识、电器控制知识等多个方面的知识需要员工能够很好的理解和掌握。因为现阶段许多现场检测设备产品都是通过进口的，要有一定的了解，熟悉产品，需要较高的英语水平。由于许多员工没有经过专业训练，在不了解产品操作知识的前提下盲目操作，导致了一系列问题。为此，应对员工进行专业培训、实战演练等有效措施来解决此类问题。
