虽然，荷兰的污水处理工程较完善，但也有做得不完美的地方，那就是没有实行雨污分流。雨水本身是可以不经处理就流入土壤、河流的，至于其中汽车尾气和轮胎带来的有害物质，由于污水处理厂污水处理设备采取的是生物处理方法，也无法处理。现在雨污一起流入污水处理厂，加大了污水处理量，是一种浪费。

但是，在已有市政建设的基础上推行雨污分流，是一件复杂和冒险的事情。为了不增加居民的负担，降低投资，荷兰目前采取的做法是，在修理、更新部分下水道时顺便进行雨污分流，或者在规划新区时提前做好雨污分流工程。 实施可持续发展的污水处理需要一个整体、集成的设计，同时也需要考虑周围环境。

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